作为我国5大淡水湖之一，太湖也是沿湖地区的重要水源地。另一方面，太湖流域地跨江浙沪两省一市，是长三角区域一体化发展、长江经济带发展等国家战略的叠加区交汇区，保护太湖尤为重要。
数据显示，太湖治理已连续12年实现了“两个确保”(确保饮用水安全，确保不发生大面积湖泛)的目标。在2019年太湖湖体水质已明显好转，国家考核的4项水质指标中，高锰酸盐指数、氨氮、总氮浓度均已达标。
但“总磷”“富营养化”仍是太湖治理亟待解决的难点。
据国家有关课题研究结果显示，太湖水文水动力格局发生重大变化，是近年来太湖总磷浓度反弹并高位波动的主要因素。因此需进一步统筹水资源、水环境和水生态关系，在保护优先的前提下合理调配水资源，进一步科学设定太湖水环境综合治理水质目标。
另有专家建议探索建立太湖治理区域协作机制，建立沿湖各地政策、项目、资金及管理等方面的协调机制，还太湖“一湖清水”。
由于太湖流域水污染治理与管理具有复杂性、长期性和艰巨性，需要形成自己的模式，因此流域水污染治理急需科技支撑。
意识到这一点，“十三五”期间，太湖富营养化控制与治理技术集成研究课题展开。
太湖集成课题搜集了近几十年来太湖水生态系统特征指标逐月数据，构建了目标层、要素层和指标层3层次指标体系。经过研究，课题为指导对太湖水生态系统发展趋势的预测，并构建了涵盖气象、水质和生态指标三大类指标的太湖水生态系统发展趋势预测模型。
另一方面，各类废弃物产生量增长迅速，比如污水处理厂污泥、餐厨垃圾等也对水体污染负荷贡献大，导致流域水体污染、水质达标任务重。
对此，“污泥与废弃物处置及资源化利用技术集成与综合”课题设立，开展流域主要废弃物高效收集和综合处理与资源化利用综合，提出流域整治一体化方案。
据了解，在《江苏省“两减六治三提升”专项行动方案》《太湖流域水环境综合治理总体方案》《太湖水环境状况及水质修复评估报告》等政策中也提到了这一点，要求重点治理太湖水环境、生活垃圾、黑臭水体等污染和环境隐患。
与此同时，江苏也在积极探索太湖治理的新模式。2020年，10月29日，江苏省生态环境厅相关负责人表示，该厅已部署在太湖流域开展跨界断面水质异常上游无过错举证试点工作，为充分厘清交界双方的治污责任，解决跨界断面水质治理难点。
据介绍，此次试点的关键在“举证”，为此，江苏确定了“流向稳定，上游举证”和“流向不定、联合举证”原则。
在此之前，新修订的《江苏省太湖流域水环境综合治理专项资金管理办法》已发布。
太湖治理的新阶段下，我国也开启了新的措施。
